BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

一、脚本模板

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
#SBATCH --partition=g1_share        # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=vasp             # 作业名称
#SBATCH --output=vasp.%j.out        # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=vasp.%j.err         # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

##############################################
#          Software Envrironment             #
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unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数
module load intel/2022 intelmpi/2022           # intel 环境加载

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#               Run job                      #
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export OMP_NUM_THREADS=1

blastn -query test.fa -db nt -outfmt 6 -evalue 1e-5 -out "test.blastn@dbname" -num_threads 56

二、编译

  1. 软件安装

module load conda3
conda create -n blast python=3
conda activate blast
conda install blast -c bioconda