GAMESS
GAMESS
General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS) 是一款分子层面的从头算量子化学程序。GAMESS可用于计算RHF、ROHF、UHF、GVB乃至MCSCF的SCF波函数。其中针对这些SCF波函数的关联修正包括组态相互作用、二阶微扰、耦合团簇方法和密度泛函理论近似。软件可通过CI、EOM及TD-DFT(含时密度泛函)计算激发态。同时,原子核梯度方法在结构自动优化、过渡态搜索或反应路径追踪功能实现上也是可用的。通过能量hessian计算,软件可以预测振动频率、IR或拉曼强度。借助于离散有效片段势(discrete Effective Fragment potentials)或极化连续体模型等连续体模型,软件能够模拟溶剂效应。软件还能从事多种相对论计算,包括有限阶的二组分标量相对论修正(可考虑多种自旋轨道耦合方式)。值得一提的是,软件的分子轨道方法将计算划分为许多小片段,使得上述这些复杂处理方法可用在非常庞大的体系当中。此外,原子核波函数也是可以计算的,包括利用VSCF,或利用NEO代码对原子核轨道进行精细处理。
GAMESS可以计算许多分子性质,从简单的偶极子矩到依赖于频率的超极化率都属于GAMESS可研究的范围。GAMESS内存储了大量基组及有效核势、模型核势,其研究对象涵盖了几乎整个元素周期表。
一、脚本模板
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=1 # 节点数量 #SBATCH --ntasks-per-node=56 # 每个节点核心数量 #SBATCH --ntasks=56 # 总核心数 #SBATCH --partition=g1_share # 队列分区且必须指定正确分区 #SBATCH --job-name=vasp # 作业名称 #SBATCH --output=vasp.%j.out # 正常日志输出 (%j参数值为 jobId) #SBATCH --error=vasp.%j.err # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId) ############################################## # Software Envrironment # ############################################## unset I_MPI_PMI_LIBRARY #取消默认mpi库,使用intel自带 export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0 # intel 多节点作业所需修改参数 module load intel/2022 intelmpi/2022 # intel 环境加载 ############################################## # Run job # ############################################## export OMP_NUM_THREADS=1 ./runall 00 >& runall.log
二、编译
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环境加载
module load intel/2022 intelmpi/2022
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解压Gamess:
tar -xzvf gamess-current.tar.gz
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生成配置文件,
cd gamess
./config
机器名,一般输入linux64
回车(使用默认路径)
回车(使用默认路径)
回车(gamess默认的版本号00)
gfortran
4.8
回车
none(选择使用数学库,我这里为了避免麻烦,选择了none)
回车
sockets(选择sockets或者mpi)
no(不使用LIBCCHEM)
生成install.info和Makefile文件
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编译ddi
cd ddi
./compddi
mv ddikick.x /home/quant/games/ddikick.x
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编译compall
gamess文件夹下,./compall(时间很长),完成后在gamess文件夹下产生gamess.00.x程序。
./lked gamess 00 2>&1 | tee lked.log
lked.log文件会显示过程,有The linking of GAMESS to binary gamess.00.x wassuccessful.字样说明已经连接成功。