GROMACS 是一种分子动力学应用程序

可以模拟具有数百至数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。GROMACS旨在模拟具有许多复杂键合相互作用的生化分子，例如蛋白质，脂质和核酸。

一、脚本模板

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56 # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56 # 总核心数
#SBATCH --partition=g1_share # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=gromacs # 作业名称
#SBATCH --output=gromacs.%j.out #正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH –error=gromacs.%j.err #错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

##############################################
# Software Envrironment #
##############################################
unset I_MPI_PMI_LIBRARY #取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0 # intel 多节点作业所需修改参数
module load intel/2022 intelmpi/2022 # intel 环境加载 moudle load
gromacs # 软件加载(参考module使用方法，选择具体版本)

##############################################
# Run job #
##############################################

pdb2gmx -ignh -ff gromos43a1 -f 1OMB.pdb -o fws.gro -p fws.top -water
none editconf -f fws.gro -d 0.7 editconf -f out.gro -o fws_ctr.gro
-center 2.0715 1.6745 1.914 grompp -f em.mdp -c fws_ctr.gro -p fws.top
-o fws_em.tpr srun gmx_mpi mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c
fws_ctr.gro -g em.log -e em.edr # srun gmx_mpi mdrun -v -deffnm
step7_production ```

二、编译

  1. 选择版本并下载解压源码 bash $ https://manual.gromacs.org/documentation/

  2. 登录节点禁止运行作业和并行编译，请申请计算节点资源用来编译，并在编译结束后退出：

+
# -p 参数指定了队列，请以实际使用为准 ```
. 环境加载
+
[source,bash]
----
module load gcc/12.1.0 cmake/3.21.1 openmpi/4.1.3-gcc12.1.0
加载gcc环境
export CC=`which gcc`
export CXX=`which g++`
export FC=`which gfortran`
----
. FFTW安装
+
[source,bash]
----
fftw下载路径：https://fftw.org/pub/fftw/
tar -xf fftw-3.3.9.tar.gz
cd fftw-3.3.9/
./configure --prefix=/es01/home/xiehx/fftw --enable-mpi --enable-static --enable-shared CC=gcc
make -j 20
make install
----
. openblas安装
+
[source,bash]
----
openblas下载链接：https://sourceforge.net/projects/openblas/
tar -xf Openblas-0.3.20.tar.gz
cd Openblas-0.3.20
make
make PREFIX=/es01/home/xiehx/OpenBLAS install
----
. lapack安装
+
....
lapack下载链接：http://www.netlib.org/lapack
tar -xf lapack-3.10.1.tar.gz
cd lapack-3.10.1
cp make.inc.example make.inc
make
cd LAPACKE
make
cd ../
mkdir lib
mv *.a lib
....
. gromacs安装
+
....
gromacs下载链接：https://manual.gromacs.org/current/download.html#
tar xf gromacs-2022.tar.gz
cd gromacs-2022
mkdir build ; cd build
PREFIX=/es01/home/xiehx/gromacs
LDFLAGS="-lgfortran" CC=mpicc CXX=mpicxx cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$PREFIX -DBUILD_SHARED_LIBS=on -DBUILD_TESTING=on -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=off -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=off -DGMX_DOUBLE=on -DGMX_EXTERNAL_BLAS=on -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=on -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_BLAS_USER=/es01/home/xiehx/OpenBLAS/lib/libopenblas.a -DGMX_LAPACK_USER=/es01/home/xiehx/lapack/lapack-3.10.1/lib/liblapack.a -DFFTW_LIBRARY=/es01/home/xiehx/fftw/lib/libfftw3.so -DFFTW_INCLUDE_DIR=/es01/home/xiehx/fftw/include -DGMX_GPU=off -DGMX_MPI=on -DGMX_OPENMP=on -DGMX_X11=off ../
....
+
###### 附ERROR：lapack64位链接错误处理方法：
+
[source,bash]
----
# 使用-fPIC重新编译lapack本身.所以在你的make.inc中更改为以下内容:
FORTRAN  = gfortran -m64 -fPIC
OPTS     = -O2 -m64 -fPIC
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -m64 -fPIC
LOADER   = gfortran -m64 -fPIC
----